Το κοινό ειδοποιήθηκε για την Omicron στο Νέο Μεξικό μέσω γρήγορης ανίχνευσης – Biomedical Beat Blog – Εθνικό Ινστιτούτο Γενικών Ιατρικών Επιστημών

Τα τελευταία 2 χρόνια, πιθανότατα έχετε ακούσει πολλά για την εξάπλωση του SARS-CoV-2 ιός που προκαλεί COVID-19—και η εμφάνιση παραλλαγών. Η ανακάλυψη και η παρακολούθηση αυτών των παραλλαγών είναι δυνατή χάρη στη γονιδιωματική επιτήρηση, μια τεχνική που περιλαμβάνει τον προσδιορισμό της αλληλουχίας και την ανάλυση των γονιδιώματα των σωματιδίων του ιού SARS-CoV-2 από πολλούς ασθενείς με COVID-19. Η γονιδιωματική επιτήρηση όχι μόνο έχει ρίξει φως στο πώς εξελίχθηκε και εξαπλώθηκε ο SARS-CoV-2, αλλά βοήθησε επίσης τους αξιωματούχους της δημόσιας υγείας να αποφασίσουν πότε θα εισαγάγουν μέτρα για την προστασία των ανθρώπων.

Τον Δεκέμβριο του 2021, το υποστηριζόμενο από το NIGMS πρόγραμμα γονιδιωματικής επιτήρησης SARS-CoV-2 στο Κέντρο Επιστημών Υγείας του Πανεπιστημίου του Νέου Μεξικού (UNM HSC) στο Αλμπουκέρκη εντόπισε την πρώτη γνωστή περίπτωση της παραλλαγής Omicron στην πολιτεία, η οποία επέτρεψε την ταχεία δημόσια υγεία απάντηση. Συνεπικεφαλής του προγράμματος, επίκουροι καθηγητές Darrell Dinwiddie, Ph.D.και Daryl Domman, Ph.D.παρακολουθούσαν σε υψηλό συναγερμό για να εισέλθει στο Νέο Μεξικό και όταν το έκανε, ήταν έτοιμοι να το αναγνωρίσουν γρήγορα:

• 7 Δεκεμβρίου: Ένας ασθενής βρέθηκε θετικός στον COVID-19 στο νοσοκομείο UNM.
• 9 Δεκεμβρίου: Το πρόγραμμα γονιδιωματικής επιτήρησης UNM HSC έλαβε ένα δείγμα ιού από τον ασθενή.
• 10 Δεκεμβρίου: Το εργαστήριο του Dr. Dinwiddie ξεκίνησε την αλληλουχία του δείγματος, μια διαδικασία που διαρκεί περίπου 24 ώρες.
• 12 Δεκεμβρίου: Το εργαστήριο του Dr. Domman, το οποίο χειρίζεται την ανάλυση των αλληλουχιών του γονιδιώματος SARS-CoV-2, προσδιόρισε ότι το δείγμα ήταν το Omicron.

Οι Δρ. Ο Dinwiddie και ο Domman ειδοποίησαν αμέσως το Υπουργείο Υγείας του Νέου Μεξικού, το οποίο κυκλοφόρησε μια δημόσια ανακοίνωση την επόμενη μέρα ενθαρρύνοντας τους ανθρώπους να φορούν μάσκες και να λαμβάνουν ενισχυτικά εμβόλια COVID-19 για να βοηθήσουν στη μείωση της εξάπλωσης της παραλλαγής. Συνολικά, χρειάστηκε λιγότερο από μια εβδομάδα από τη στιγμή που ο ασθενής υποβλήθηκε σε εξέταση μέχρι να γίνει μια δημόσια ανακοίνωση.

Πριν από την πανδημία, ο Δρ. Dinwiddie χρησιμοποίησε γονιδιωματική αλληλουχία για να μελετήσει άλλους αναπνευστικούς ιούς και ο Δρ Ντόμαν διεξήγαγε γονιδιωματική επιτήρηση για χολέρα σε παγκόσμιο επίπεδο. Ως ειδικοί στη μελέτη του ανθρώπου παθογόνα, μπόρεσαν και οι δύο να μετατοπίσουν γρήγορα την εστίασή τους στον ιό SARS-CoV-2 όταν ξεκίνησε για πρώτη φορά η πανδημία. Ακολούθησαν σχεδόν κάθε δείγμα θετικό για SARS-CoV-2 τόσο από το νοσοκομείο UNM όσο και από ολόκληρο το Νέο Μεξικό από μια μεγάλη εταιρεία διαγνωστικών δοκιμών που ονομάζεται TriCore Reference Laboratories. «Το UNM και το νοσοκομείο του, το Υπουργείο Υγείας του Νέου Μεξικού και τα Εργαστήρια Αναφοράς TriCore αποτελούν μια στενά ενοποιημένη ομάδα εργασίας. Ήταν μια πολύ ωραία συλλογική προσπάθεια όπου λειτουργούμε ως μια μεγάλη ομάδα για το κοινό καλό του Νέου Μεξικού», λέει ο Δρ Domman.

Οι Δρ. Ο Dinwiddie και ο Domman σχεδιάζουν να συνεχίσουν τη διεξαγωγή γονιδιωματικής επιτήρησης SARS-CoV-2 καθώς και να επεκτείνουν τις προσπάθειές τους γονιδιωματικής επιτήρησης σε άλλα παθογόνα, όπως ανθεκτικό στα αντιβιοτικά βακτήρια. «Η συνεργασία μεταξύ των μελών του προγράμματος γονιδιωματικής επιτήρησης SARS-CoV-2 επεκτάθηκε κατά τη διάρκεια της πανδημίας και τώρα πιέζουμε σε νέους τομείς. Πιστεύουμε ότι η γονιδιωματική επιτήρηση των παθογόνων έχει πολλές χρήσεις», λέει ο Δρ Dinwiddie. Για παράδειγμα, το πρόγραμμα γονιδιωματικής επιτήρησης θα μπορούσε να προειδοποιήσει για αύξηση ορισμένων λοιμώξεων ανθεκτικών στα αντιβιοτικά και να εκδώσει μια προειδοποίηση για να ενθαρρύνει πιθανές σωτήριες προφυλάξεις, όπως ακριβώς έκαναν για την παραλλαγή Omicron.

Το πρόγραμμα γονιδιωματικής επιτήρησης UNM HSC SARS-CoV-2 υποστηρίζεται από επιχορήγηση NIGMS P20GM130422.